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Bâtie entre 1450 et 1470 sous les règnes des empereurs Pachacutec puis Túpac Inca Yupanqui, la cité perchée à 2 430 mètres d'altitude fut abandonnée environ un siècle plus tard, probablement au moment de la conquête espagnole. Popularisée en 1911 par l'explorateur américain Hiram Bingham, alors qu'un Péruvien, Agustín Lizárraga, y était déjà passé en 1902 et que des paysans quechuas cultivaient encore ses terrasses, elle est classée au patrimoine mondial de l'UNESCO depuis 1983. Le site conserve l'Intihuatana, pierre rituelle alignée sur le solstice d'hiver, le Temple du Soleil et le Temple des Trois Fenêtres, faisant de Machu Picchu l'une des visites incontournables d'Amérique du Sud.

Ancienne capitale spirituelle et politique de l'empire inca, la ville s'étend à 3 400 mètres d'altitude et conserve la forteresse de Sacsayhuamán, dont les premiers blocs remontent à la culture Killke vers l'an 1000 avant d'être agrandie par les Incas avec des pierres de plusieurs tonnes assemblées sans mortier. Le Coricancha, ancien temple du soleil autrefois recouvert de plaques d'or, sert aujourd'hui de fondation au couvent de Santo Domingo, construit par les colons après la prise de la ville le 15 novembre 1533 et la fondation espagnole officielle le 23 mars 1534. Le centre historique de Cusco est classé à l'UNESCO depuis 1983.

Ce corridor agricole et cérémoniel réunit Ollantaytambo, forteresse où les troupes de Manco Inca Yupanqui infligèrent l'une des rares défaites aux conquistadors après la chute de Cusco, ses blocs de pierre ayant été acheminés depuis une carrière située à six kilomètres. Pisac complète l'ensemble avec ses vestiges incas et ses terrasses agricoles surplombant un marché artisanal quotidien. À Maras, près de 3 000 bassins d'évaporation alimentés par une source souterraine salée sont exploités depuis des siècles par environ 800 familles, tandis qu'à Moray, des terrasses circulaires concentriques créaient jusqu'à 20 microclimats différents, permettant aux Incas d'expérimenter la culture d'environ 250 plantes venues des Andes comme de l'Amazonie.

Étendue sur l'Altiplano à 3 812 mètres d'altitude, cette mer intérieure partagée entre le Pérou et la Bolivie est considérée comme le plus haut lac navigable du monde. Selon la mythologie andine, Manco Cápac et Mama Ocllo, fondateurs légendaires de l'empire inca, en seraient sortis, envoyés par le dieu soleil Inti. Les îles flottantes des Uros, entièrement construites en roseaux de totora tressés et régulièrement renouvelées, abritent encore des familles descendantes de ce peuple, à une trentaine de minutes de bateau de Puno. Plus loin, l'île de Taquile, reconnue par l'UNESCO pour son artisanat textile, et l'île d'Amantani, qui conserve deux temples préincas dédiés à la terre et au ciel, complètent la découverte du lac.

Deuxième ville du pays avec plus d'un million d'habitants, Arequipa s'élève à 2 335 mètres d'altitude dans la vallée du Chili et doit son surnom de « ville blanche » au sillar, une roche volcanique extraite des carrières locales qui recouvre ses quelque 500 demeures coloniales aux portails sculptés. Fondée en 1540, elle est dominée par le volcan Misti, actif et culminant à 5 825 mètres, ainsi que par les volcans Chachani et Pichu Pichu. Le monastère de Santa Catalina, véritable citadelle religieuse de 20 000 m² aux ruelles colorées, et le centre historique, classé UNESCO en 2000, comptent parmi les incontournables de la ville.

Avec une profondeur atteignant 3 400 mètres, soit environ deux fois celle du Grand Canyon du Colorado, ce canyon andin figure parmi les plus profonds au monde, tout juste devancé par son voisin le canyon de Cotahuasi. Le belvédère de la Cruz del Condor permet d'observer les condors andins profiter des courants ascendants pour planer au ras des visiteurs, parfois par dizaines lors des meilleures matinées. Les villages de Chivay et Cabanaconde, portes d'entrée du canyon, vivent toujours de l'agriculture en terrasses héritée des civilisations pré-incas.